小動物CT通過對實驗動物（大/小鼠及兔子等中小型動物）進行活體狀態下的功能及解剖成像，獲得動物身體代謝情況及藥物在體內分布情況的各種數據，能夠對腫瘤、神經系統、心血管等疾病研究、遺傳基因研究以及藥物臨床前篩選等提供先進的技術支持。 該系統可應用于臨床疾病的動物模型建立、早期診斷的分子探針開發、藥物的開發、篩選及療效評價，能夠促進基礎醫學和影像醫學研究。
小動物CT檢查部位
一、顱內病變：顱內腫瘤、顱部外傷、腦血管病，腦變性疾病、先天性畸形、顱內感染性疾病、腦積水、代謝性疾病。
二、五官：眶內炎癥、眼格氏病、眶內腫瘤、眼眶外傷及眶內異物；外耳、中耳、內耳先天性畸形、顳骨外傷、耳硬化癥、中耳炎癥、頸動脈球瘤；鼻竇炎、鼻竇囊腫及息肉，鼻竇及鼻咽部腫瘤、喉癌、涎腺腫瘤以及炎癥。
三、頸部疾病：頸部腫瘤、甲狀腺腫瘤、甲狀腺彌漫性腫瘤、甲狀旁腺腫瘤。
四、胸部：對于顯示肺部病變有非常滿意的效果，對肺部創傷、感染性病變、腫瘤等均勻有很高的診斷價值。對于縱隔內的腫物、淋巴結以及胸膜病變等的顯示也令人滿意，可以顯示肺內團塊與縱隔關系等。
五、腹部：小動物CT對于實質性器官肝臟、膽囊、脾臟、胰腺、腎臟、腎上腺等器官顯示清晰，對于腫瘤、感染及創傷能清晰的顯示解剖的準確部位病變程度，對病變分期等有較高價值，對腹內腫塊的診斷與鑒別診斷價值較大。
六、腹膜后病變：腹膜后腫瘤，腹膜后纖維化，腹主動脈瘤等。
七、盆腔臟器；盆腔器官之間有豐富的脂肪間隔，能準確地顯示腫瘤對鄰近組織的侵犯，因此CT已成為直腸腫瘤的診斷，臨床分期和放射治療設計的重要手段。
八、脊柱、四肢：脊柱、四肢外傷，骨折，椎管內有無骨折片，椎管有無變形、狹窄，脊柱，四肢炎癥，結核，腫瘤，關節退行性病，椎間盤突出等。
九、特殊檢查：小動物CT可用于頜面部骨折的三維重建，腦血管及主動脈血管的三維重建，肝臟三期掃描等。
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